El primer signo de un pénfigo vulgar es la aparición de lesiones ampollosas en las mucosas sobre todo las de la boca. Durante algunos meses pueden ser la única manifestación de la enfermedad, antes de que se desarrollen las lesiones de la piel.

Los ampollas son frágiles y se rompen fácilmente, dejando unas áreas dolorosas que pueden extenderse hasta la faringe y laringe. Estas lesiones son tan molestas que muchas veces el paciente no puede comer ni beber.

Otras mucosas que pueden verse afectadas son las de la conjuntiva, ano, pene, vagina y labios vaginales. En algunos casos, muy raros, también se han descrito lesiones en el esófago