El empleo de los corticosteroides y la llegada de los fármacos inmunosupresores ha mejorado de forma impresionante la prognosis de los enfermos de pénfigo. Sin embargo, esta sigue siendo una enfermedad grave con una mortalidad y morbilidad significativas. La causa más frecuente de la muerte son las infecciones que están agravadas por la administración de fármacos inmuosupresores. En el caso del pénfigo vulgar tratado con inmunosupresores y corticoides, la mortalidad en 10 años es del 4 al 10%. En el caso del pénfigo foliáceo, la mortalidad es menor.

Como regla general se admite que el pénfigo vulgar debe ser tratado desde un principio ya que cuando se generaliza el pronóstico es peor.