Microscópicamente, la micosis fungoides folicular se caracteriza por densos infiltrados de linfocitos que rodean y se infiltran en los folículos pilosos, sin afectar las áreas de piel interfolicular. Los linfocitos transformados son de tamaño pequeño o medio con núcleos irregularses. Ocasionalmente pueden verse microabscesos de Pautrier en el epitelio folicular.

Los folículos muestran una dilatación quística, obturaciones cornificadas y, ocasionalmente , una degeneración mucinosa del epitelio folicular. También se observan infiltraciones en las glándulas ecrinas.

No se conocen las causas exactas del foliculotropismo en este tipo de micosis fungoides. Se ha sugerido que podrían producirse algunas alteraciones en los receptores de adhesión, en particular en la molécula de adhesión intercelular (ICAM-1), receptor que tiene una gran afinidad hacia el antígeno-1 asociado a la función linfocítico (LFA-1) y que se expresa en mayor cantidad en la micosis fungoides.

Es difícil distinguir entre la micosis fungoides folicular y la mucinosis folicular idiopática, que se presenta en pacientes jóvenes y tiene un curso benigno