A lo largo de la Edad Media, se perdieron muchos de los escritos griegos y romanos que fueron destruídos por considerarlos heréticos, cayendo la medicina en una etapa de oscurantismo y superstición. Los enfermos peregrinaban a los sepulcros de San Cosme o San Damián antes que ir confiar en los médicos, cuya ignorancia era por otras parte notoria. Aunque algunas de las ideas de los clásicos aún perduraban, la supresión de la experimentación y de la investigación científicas hizo que no se produjera en siglos ningún avance significativo.

Hildegarda de Bingen (1098-1179) abadesa benedictina constituye una notable excepción a la ausencia de médicos destacados en esta época. Hildegarda (también conocida como Santa Hildegarda aunque no llegó nunca a ser santificada) consiguió una gran fama no solo como curandera sino también como poetisa, compositora y teóloga. Autora de la Ciencia Natural -"Physica"- y de el Arte de Curar - "Causae et curae"- fué consejera de obispos y nobles, introdujo notables medidas de higiene en su convento y sus composiciones son todavía hoy interpretadas existiendo de ellas una amplia discografía.

En la Edad Media la civilización y la cultura se refugiaron en los monasterios pues entonces se consideraba que el saber leer y escribir era propio sólo de monjes y monjas. A pesar de la falta de conocimientos médicos, hay que reconocer que los primeros hospitales fueron fundados en aquella época. El primer hospital fué fundado en Cesárea por San Basilio en 370, y Fabiola en el año 400 fundó el primer gran hospital en Roma. Estos fueron seguidos por otros muchos hospicios, albergues u hospitales que brindaban cuidados médicos y espirituales a enfermos, peregrinos y otros desvalidos.

El famoso "Hotel-Dieu" de Paris fué fundado alrededor de 652 por San Landry, obispo de Paris; el Saint Bartholomew, uno de los más importantes hospitales medievales fué fundado en 1123.

En la Edad Media floreció un tipo de medicina producto de diversas creencias al margen de la medicina sacerdotal y científica. Ejemplos de estas creencias son el método de diagnóstico por observación de la orina, la tradición de que reyes y nobles tenían poderes curativos y la creencia de que las gemas o piedras preciosas poseían, según el color, propiedades curativas (por ejemplo el coral o la hematita para las anemias, el coral blanco para estimular la producción de leche en las nodrizas, etc). Sobre esta base se prepararon cordiales a base de rubí, elixires de perlas, extractos de esmeralda y quintaesencias de topacio. El método de fabricación de todos estos remedios era muy complicado y en todos ellos, las gemas eran pulverizadas y mecladas con otros ingredientes.