Las células disponen de un mecanismo para "controlar la calidad" de los productos que síntetizan, llamado sistema proteasómico de ubiquitina. Si este sistema detecta una proteína defectuosa, bien por incluir aminoácidos anormales bien por una conformación 3D anormal, la proteína es replegada o destruída. En el caso de la enfermedad de Huntingdon, se cree que el sistema proteasómico de ubiquitina no funciona correctamente, por lo que se pueden producir gran número de agregados de huntingtina que forman los cuerpos de inclusión que se detectan en esta enfermedad.

Recientemente, se ha demostrado que la huntingtina anormal es capaz de secuestrar la proteína de unión al CREB. Esta es una enzima cuya función normal es la de activar los factores de transcripción. Al disminuir los niveles de esta enzima, la célula es incapaz de sintetizar todas las proteínas que necesita acabando por morir.