La localización de una secuencia particular de nucleótidos dentro de un fragmento de ADN genómico se consigue mediante el método descrito en 1975 por Southern. El ADN genómico que se desea analizar se digiere con una o más enzimas de restricción y los fragmentos resultantes se separan por electroforésis sobre gel de agarosa. Seguidamente, se desnaturaliza el ADN in situ y se transfiere el mismo desde el gel a un soporte de papel secante (normalmente un papel de nitrocelulosa o una membrana de nilón) (*). Durante la transferencia del ADN desde el gel al papel secante, las posiciones de los distintos fragmentos se mantienen. El ADN fijado al filtro se hibrida (al encontrarse desnaturalizado cada una de las cadenas es capaz de aparearse con una cadena complementaria exógena) con un RNA o ADN marcado con con un isótopo radioactivo (usualmente 14-C o 32-P) y el compuesto marcado resultante se detecta por autoradiografía. De esta forma, se detectan las cadenas que son complementarias a las de la sonda empleada.

La cantidad de ADN genómico necesaria para originar una hibridación detectable depende de varios factores incluyendo la cantidad de genoma que es complementario de la sonda, el tamaño de esta y su actividad específica y la cantidad de ADN que es transferida al filtro. En las mejores condiciones, la técnica permite detectar menos de 0.1 pg de ADN (aproximadamente una parte en tres millones).

Monografía revisada el 24 de diciembre de 2014. Equipo de redacción de IQB