El tratamiento del queratoacantoma es sobre todo quirúrgico, reservándose el tratamiento médico cuando no es posible el primero. También pueden utilizarse la criocirugia o la electrodisecación. La cicatriz resultante suele ser cosméticamente aceptable aunque algunas veces se observa recurrencia

Cuando las lesiones son demasiado numerosas para una intervención quirúrgica, o se localizan el lugares poco apropiados, se pueden administrar retinoides sintéticos como la isotretinoína.

Se han utilizado con éxito el metotrexato, el 5-fluorouracilo, la bleomicina y los corticoides intralesiones en pacientes no aceptables para la escisión quirúrgica de los tumores. Otros tratamientos prometedores todavía en fase experimental son el imiquimod y el interferon alfa-2b