Las pápulas del molusco contagioso, multilobadas, constan de una epidermis proliferada. La depresión central es un cráter colmado de láminas córneas y de células epidérmicas disqueratósicas. La dermis forma una cápsula alrededor con finos septos entre los lóbulos.

El virus provoca alteraciones en las capas inferiores del estrato filamentoso. Las células pierden desmosomas, aumentan de tamaño, se vacuoliza el citoplasma y el núcleo muestra un aspecto creciente. En el citoplasma de las células degeneradas se producen los cuerpos de inclusión de Henderson y Paterson que alcanzan un gran tamaño,