El curso del molusco contagioso acontece a veces con brotes inflamatorios con disrupción de la pápula y paso del contenido a la dermis, provocand granulomas, con edema y enrojecimiento que indica una respuesta a los antígenos del virus.

En los pacientes con dermatitis atópica tratados con corticosteroides o inmunosupresores, las lesiones se pueden extender considerablemente, siendo además muy rebeldes

El diagnóstico es relativamente fácil por el aspecto típico de las pápulas. La biopsia de núcleo de la pápula y la histología de los frotis de las lesiones ayudan al diagnóstico.

Es necesario diferenciar el molusco contagioso de queraroacantomas, basaliomas, verrugas vulgares, angiofibromas y adenomas, en particular cuando el molusco aparece como elementos solitarios gigantes en las extremidades