Las lesiones iniciales son pequeñas pápulas con una úlcera o nódulo subcutáneo. El período de incubación suele ser de 2 semanas a 3 meses. La pápulas pierden con rapidez la epidermis y se ulceran en unos pocos días. En el hombre, las zonas más afectadas son el pene, el glande y el escroto. En la mujer, los labios menores, el monte de Venus y la fourchette. En el 10% de los casos, la infección puede extenderse al cuello de útero.

Se han descrito cuatro variedades clínicas de granuloma inguinal:

• Variedad nodular, caracterizada por nódulos rojos y blandos, que presentan una granulación superficial.
• Variedad ulcerovegetativa que evoluciona a partir de la anterior hasta formar grandes úlceras
• Variedad porliferativa (bastante rara) en la que se forman grandes masas vegetantes
• Variedad cicatricial que produce la formación de cicatrices como una consecuencia de la extensión de la lesión