En la primera fase (papular)se produce un eritema poco después de la exposición al virus, con acumulación de líquidos. En la segunda fase, se producen células epidérmicas vacuoladas. Histólogicamente, se observa una acumulación de neutrófilos, basófilos, células dendríticas y linfocitos. En la parte central de la lesión se produce una pérdida de la epidermis, mientras que en la periferia hay una degeneración reticular con presencia de microvesículas.

Las manchas negras observadas en la fase de regeneración seca se debe a la rotura de células que tiene lugar en el interior de los folículos.

En la fase papilomatosa, se observan numerosas elevaciones y proyecciones de la epidermis

En la fase de regresión, los papilomas reducen su tamaño y los histociocitos, macrófagos, linfocitos y células plasmáticas van disminuyendo su número progresivamente.