El fármaco de elección para el tratamiento de la cromoblastomicosis es el itraconazol en dosis de 200 mg/día. A veces se la asocia la fluocitosina (30 mg/kg cuatro veces al día si la función renal es normal) o la terbinafina (250 mg/dia).

En casos muy extensos puede utilizarse la amfotericina B (hasta 1 mg/kg) por vía intravenosa o el tiabendazol, aunque el uso de este último está limitado por la alta incidencia de reacciones adversas