Como en cualquier otro tipo de cirugía, en la cirugía periodontal se deben tener en cuenta las reglas de higiene y asepsia recomendadas por las Asociaciones Profesionales como la ADA o la AAP. Estas reglas se aplican en particular al instrumental, que debe ser cuidadosamente limpiado y esterilizado después de cada intervención y mantenido en estas condiciones hasta la siguiente operación. El personal sanitario (cirujano, asistentes y enfermeras) debe seguir una serie de normas higiénicas antes, durante y después de la intervención. Llevará unas prendas adecuadas que permitan la libertad de movimientos y usará guantes, mascarillas y gorros cubrecabezas Finalmente, el paciente se preparará adecuadamente cubriendo con paños estériles las proximadades de la campo operatorio y cubriendo la cabeza con un gorro Todo el material empleado durante la intervención se limpia y esteriliza al terminar esta o se desecha. Los desechos se recogen en recipientes adecuados que son recogidos por empresas especializadas.