La extensión de la resección es el factor más importante a la hora de establecer la prognosis a largo plazo de los ependimomas.

En general, la resección de un tumor cerebral tiene una mortalidad del 1% al 2%; el 40% de los pacientes se recupera completamente o muestra un déficit mínimo tras la cirugía. Los restantes muestran los mismos déficits que antes del procedimiento o incluso empeoran de forma más o menos transitoria.

Los niños sometidos a resección de una lesión de en la fosa posterior presentan el riesgo de un mutismo postoperatorio.

La radioterapia postoperatoria aumenta la supervivencia a 5 años: dosis de 45 Gy o más mejoran la supervivencia desde el 40 al 87% dependiendo del grado del tumor.