Las infecciones más frecuentes que se asocian a la encefalomielitis aguda diseminada son cuadros virales inespecíficos del tracto respiratorio superior.También se ha observado después de otras infecciones, incluso bacterianas.

La encefalomielitis aguda diseminada post inmunización ha sido descrita después de la inoculación de vacunas contra sarampión, rabia, rubéola, tifoidea, hepatitis B, difteria, parotiditis y antitoxina tetánica