El gen de la APP se encuentra situado en el cromosoma 21. Varios investigadores han detectado en varias familias de enfermos en los que la enfermedad se declara prematuramente, mutaciones en el gen de la APP situadas en diferentes partes del mismo: así, una familia sueca se ha encontrado una doble mutación en los codones 670 y 671, y en otras familias, se detectado una mutación en el codón 717.

En estas familias, solo las personas que muestran estas mutaciones padecen la enfermedad de Alzheimer, lo que demuestra sin ningún género de dudas que existe una relación entre el metabolismo de la APP y en la enfermedad de Alzheimer. La APP puede experimentar un metabolismo diverso según que genere como producto final b-amiloide u otros fragmentos. En la vía metabólica no-amiloidogénica, una secretasa corta la APP dentro de la región del amiloide formando un fragmento COOH-terminal de 83 restos de aminoácidos llamado CT83 o APPas.

En la vía amiloidogénica, dos enzimas denominada b-secretasa o BACE y g-secretasa escinden la APP en el N terminal de la secuencia peptídica Ab en los compartimentos endosómicos, mientras que la g-secretasa la escinde en el C-terminal de la secuencia Ab en la superficie celular o cerca de ella. Existen dos tipos de g-secretasa que reciben el nombre de presenilina-1 y presenilina-2, PS1 y PS1. Estas enzimas son objeto en la actualidad de estudios exhaustivos, debido a que su bloqueo mediante fármacos disminuiría teóricamente la formación de b-amiloide.