Son muy comunes otras anormalidades del sistema nervioso central asociadas a la agenesia del cuerpo calloso. Entre ellas se incluyen las malformaciones de Chiari, y Dandy-Walker, arteria cerebral anterior impar, quistes aracnoides, desórdenes de la migración (heterotopías, esquizencefalia, etc.), cefaloceles, colobomas, y otras malformaciones faciales y esqueléticas.

Otra anormalidad bien conocida es la presencia de un lipoma del cuerpo calloso. El 30% de los lipomas intracraneales ocurren en el cuerpo calloso, y de estos aproximadamente la mitad se producen en pacientes con algún grado de disgenesia callosa.