En la agenesis del cuerpo calloso, los axones que normalmente conectan el hemisferio contralateral forman un haz longitudinal a lo largo del margen medial de los ventrículos lateral, llamados haz de Probst. Estos haces confieren a los cuernos frontales de los ventrículos laterales un aspecto abombado en el plano coronal.

Debido a la ausencia de las estructuras periventriculares del cuerpo calloso, los ventrículos se expanden en la materia blanca produciendo una colpocefalia. Además, los surcos hemisféricos mediales irradian hacia abajo hacia un tercer ventrículo que aparece más elevado.