Se utiliza la palabra inglesa "Footprinting" (obtención huella plantar) para designar una técnica de biología molecular para determinar la secuencia exacta de un DNA a la que se unen algunas proteínas. Algunas de estas proteínas son:

• Factores de transcripción que se unen a los operadores, silenciadores o amplificadores eucarióticos
• Proteínas que forman los receptores hormonales con secuencias de ADN que responden a las hormonas
• El represor lac que cierra el lac operon en el E.coli

La técnica es la siguiente (*)

• Se clona el fragmento de DNA que contiene el sitio en el que se une la proteína (p.ej, el represor lac)
• Se marca uno de los extremos de las moléculas de DNA con una molécula radioactiva (p. ej, APT radioactivo)
• Se digiere el DNA con una DNA-asa I (esta enzima corta las moléculas del DNA de forma aleatoria, a diferencia de las enzimas de restricción que lo cortan en secuencias determinadas). El resultado es una mezcla de fragmentos radioactivos de longitud variable, en la que el fragmento más pequeño representa un sólo nucléotido
• Se separan los fragmentos radioactivos por electroforesis y se revela el autoradiograma. Cuando el represor lac se une a su ligando (una secuencia de 24 pares de bases) la DNA-asa I no puede atacar la secuenca, por lo que los fragmentos cubiertos por el represor no apareceran en el autoradiograma. La ausencia de estos representa el "footprinting"
• La misma muestra de DNA sin proteger por el represor se somete a un proceso normal de secuenciación, comparándose con el autoradiograma anterior. La secuencia exacta de bases en el operador lac puede ser leída directamente ya que está representada por los fragmentos escalonados de DNA que están ausentes en el footprint
  

REFERENCIAS

• Sambrook & Russell: Molecular cloning. A laboratory manual. 2003. Cold Spring Harbor. 2300 páginas

• Yamamoto K, Ishihama A. Two different modes of transcription repression of the Escherichia coli acetate operon by IclR. Molecular Microbiology, (2003), Vol. 47 Issue 1, p183-195p