Igualmente, los endometriomas puede causar dolor por efecto de la presión durante el coito. Las lesiones profundas, como las que invaden el septo rectovaginal, están directamente relacionadas con la intensidad del dolor, que puede ser el resultado de una invasión de las terminaciones nerviosas, parecida a la que ocurre en el cáncer

Las endometriosis se caracterizan fundamentalmente por dolor e infertilidad, aunque también se presentan hemorragias uterinas disfuncionales y, cuando las lesiones se manifiestan en órganos o tejidos atípicos (p.ej vejiga, colon, piel,etc), van acompañadas de síntomas propios.

El dolor se manifiesta como dismenorrea, dispareunia, dolor pélvico y disquecia. Aunque generalmente el dolor es cícliclo, puede con el tiempo convertirse en continuo. A veces se presenta en el momento de la defecación o micción.

No se sabe con exactitud la causa del dolor en la endometriosis. Puede ser producido por factores inflamatorios producidos por las células glandulares en respuesta a las hormonas cíclicas, pero también pueden ser el resultado de las adhesiones.