Diferentes teorías intentan explicar su origen y sus múltiples localizaciones. Ya en 1886 Von Recklinghausen postuló su teoría embrionaria, no muy aceptada en la actualidad, según la cual los implantes de endometriosis procederían de restos del conducto de Wolf. La teoría metaplásica afirma la existencia de células mesoteliales pluripotentes (explicándose así los casos en varones).

La teoría más aceptada es la de Sampson o teoría migratoria, ya sea por menstruación retrógrada a través de las trompas, por venas o vasos linfáticos o de forma directa por la cirugía pélvica. Esta teoría viene apoyada por 2 hechos fundamentales: La presencia de células viables en el líquido peritoneal con capacidad de crecimiento y la ubicación anatómica de los implantes.

No obstante, las teorías más actuales hablan de fallos de la inmunidad e incluso de efectos tóxicos por dioxinas e hidrocarburos policlorados.

Endometriosis del peritoneo pelviano [ICD-10: N80.6]