Aunque la mayoría de los tratamientos van encaminados a suprimir los implantes en sí mismos, existe la posibilidad de aplicar tratamientos para paliar el dolor y la esterilidad asociados.

Históricamente, al considerarse la endometriosis como un desórden endocrinológico, su tratamiento ha consistido en la administración de hormonas. Así, se han ensayado succesivamente estrógenos, metiltestosterona, gestágenos, progestágenos, danazol y agonistas de la hormona liberadora de gonadotropinas.

La cirugía, especialmente la laparoscopia, al eliminar los focos, suprime igualmente el dolor. Sin embargo, este tipo de cirugía conservadora solo es útil en el caso de endometriosis mínima o leve

Los antinflamatorios no esteroídicos son la medicación de primera elección para el dolor en la paciente con endometriosis. Estos fármacos inhiben la síntesis de prostaglandinas en los implantes y reducen la liberación de mediadores de la inflamación.