La etiología del vitiligo no es bien conocida. En la misma intervienen factores hereditarios y factores precipitantes, como la exposición al sol, enfermedades sistémicas severas, problemas emocionales.

Recientemente se ha descubierto un gen, denominado VIT1, asociado al vitiligo, localizado en el cromosoma 2p16. Dicho gen codifica una ubiquitina que sería la diana de algunas proteínas específicas expresadas por los melanocitos o responsables de la activación de los melanocitos. De esta manera inducirian la apoptosis de los melanocitos sin inflamación. Esto explicaría la localización del vitiligo en las áreas más estresadas ya que las ubiquitinas se producen en mayor cantidad cuando existe estrés o trauma.

También explicaría la utilidad de los esteroides en el vitiligo ya que estos fármacos inhiben la apoptosis, en particular la inducida por el TNF-a

La teoría autoinmune es aceptada por muchos autores, debido a que frecuentemente la enfermedad está asociada a otras enfermedades