Histopatológicamente, las lesiones de la eritroplasia de Queyrat son idénticas a las de la enfermedad de Bowen. Puede presentarse además una hipoplasia epidérmica y la presencia de más células plasmáticas en los infiltrados de la dermis como suele ocurrir en las lesiones de las mucosas.

Aunque los datos son limitados, el imiquimod al 5% en algunos estudios clínicos sugiere una remisión de la eritroplasia de Queyrat, al menos la que resulta positiva para el HPV-16