El tratamiento de la phaehyphomycosis suele ser le escisión quirúrgica de los quistes, aunque las recaídas son frecuentes en los pacientes inmunodeprimidos. Los fármacos de primera elección son la 5-fluorocitosina y la anfotericina B, aunque también se han reportado resultados aceptables con Itraconazol.

Las principales complicaciones de esta micosis son las invasiones del cerebro o del hueso que tienen una prognosis bastante pobre