La radiación UV está considerada como el factor de riesgo más importante del carcinoma basocelular. Se admite que la radiación UV ocasiona mutaciones en el gen p53 (que se observan en el 40-50% de los casos) o en el gen PTCH que actúa como gen supresor de tumores. Además, la propensión a padecer carcinoma basocelular puede ser hereditaria ya que muchas veces está asociado a condiciones como el síndrome de Bazex, el síndrome de Rombo o el síndrome del carcinoma basocelular nevoide, todas ellas de carácter hereditario.

También influyen factores inmunológicos todavía desconocidos. En efecto, los pacientes inmunosuprimidos muestran una mayor tendencia a padecer el carcinoma basocelular, igual que los alcohólicos crónicos inmunodeficientes. En cambio, los pacientes con HIV muestran la misma incidencia de carcinoma basocelular que los sujetos normales.