Típicamente, la enfermedad se inicia por una mancha rosada eritematosa, bien demarcada, con bordes irregulares, con elementos rosados o pardos, ligeramente infiltrados, con zonas erosivas y costras. En ocasiones pueden verse áreas hiperqueratósicas y verrucosas, siendo las lesiones pigmentadas en un 2% de los casos. Las lesiones son asintomáticas y estacionarias durante un cierto tiempo, aunque pueden crecer rápidamente, ulcerarse y metastarizarse.

Clínicamente, la enfermedad de Bowen se suele confundir con carcinomas basocelulares superficiales, psoriasis o liquen plano, queratosis seborreica, queratosis actínica o melanomas amelanóticos. Las lesiones pigmentadas de la enfermedad de Bowen pueden ser confundidas por melanomas.