No se utiliza la planta silvestre, sólo la cultivada, que alcanza una altura de 1 m. Tiene un tallo erguido que porta hojas alternas lanceoladas en cuyo extremo se encuentran flores amarillas dispuestas en corimbos laxos. El fruto es una silicua que encierra semillas negras.

Las semillas se recogen cuando las vainas adquieren un color amarillo y las plantas empiezan a secarse. Contiene sobre todo un aceite rico en un glucósido denominado sinigrina. Este, en presencia de agua y de una enzima llamada mirosina se transforma en el aceite de mostaza.
Los granos de mostaza se emplean con excitante pruriginoso en los casos de empiema, dolores reumáticos aplicándoles sobre la piel en forma de cataplasmas o emplasto. Su acción terapeútica se debe a su efecto rubefaciente. El aceite purificado es demasiado irritante para aplicarlo directamente pero se utiliza diluído en alcohol, como linimento para el tratamiento de dolores musculares, luxaciones y el reuma. La cataplasma se ha empleado contra el reuma, el lumbago y la gota.

La mostaza negra es también empleada como condimento, haciendo mas digestivas las comidas ricas en grasas